EQUIPE DE MICROBIOLOGIE (UPRES-EA 1254)

Responsable : Pr. Martine BONNAURE - MALLET

Lors de la dernière contractualisation avec le ministère (2004-007), les odontologistes chercheurs en microbiologie se sont regroupés avec les médecins, pharmaciens au sein de l’équipe MICOBIOLOGIE (UPRES EA 1254) dirigée par Monsieur Le Professeur Michel Cormier. L’équipe regroupe 40 personnes (enseignants, hospitaliers, étudiants, personnels). Ce regroupement permet une synergie des actions de recherche, de l’encadrement doctoral et une mutualisation de moyens.

L’Equipe est habilitée par le Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie à accueillir des étudiants de Diplômes d’Etudes Approfondies (DEA), des étudiants en formation MASTER, des doctorants et post-doctorants, quelle que soit leur origine (scientifique, médecine, odontologie, vétérinaire).

Mots-clés :

Microbiologie – Biofilm – Infectiologie - Biologie cellulaire – Génomique et protéomique

Axes de recherche et intérêts :

L’équipe a pour thème général l’étude des microorganismes et leur survie en condition de stress. Les microorganismes étudiés par les odontologistes sont les bactéries anaérobies impliquées dans les infections buccales.

Deux axes de recherche s’articulent autour de ce thème général :

  • L’expression des gènes impliqués dans la survie et la virulence de Porphyromonas gingivalis

P. gingivalis est fortement impliqué dans les pathologies parodontales et dans les maladies systémiques. Cette bactérie anaérobie stricte a développé des mécanismes de survie en conditions hostiles (Oxygène, biofilm) avec l’expression de nombreux facteurs de virulence. Ce sont précisément ces mécanismes que le groupe « Odontologie–Microbiologie » a entrepris d’étudier par des approches génomiques et protéomiques.

  • L’étude de la variation microbienne lors de l’immunodépression

L’équipe a mis en évidence l’émergence de microorganismes, en particulier Capnocytophaga et Candida albicans, dans la flore buccale de l’enfant en cours de traitement anti-cancéreux. Une étude par AP-PCR des souches recueillies de Capnocytophaga a permis d’éliminer la possibilité d’une acquisition de type nosocomiale. La caractérisation des lactamases de Capnocytophaga et des facteurs de virulence de cette bactérie au contact de cellules épithéliales buccales sont en cours d’étude.

Parallèlement à ces axes, compte tenu du savoir-faire de l’équipe en Biologie cellulaire et moléculaire et en microbiologie, l’équipe réalise des tests pour des études de cytotoxicité, génotoxicité et d'adhérence bactérienne (ex : biomatériaux, titane et autres). Elle participe activement aux recherches d’activité anti-microbienne de différents principes actifs selon les normes européennes. L’équipe est en outre partie prenante dans plusieurs programmes de recherche clinique.

Organigramme de l’équipe :

Enseignants – Chercheurs:

Martine BONNAURE – MALLET (PU-PH, HDR),

Jean-Claude ROBERT (PU-PH, HDR),

Jean-Louis SIXOU (PU-PH, HDR),

Zohreh SHACOORI (MCU, PhD),

Patrice GRACIEUX (Assistant, PhD).

Personnel :

Hélène SOLHI, Adjoint technique (mi-temps).

Etudiants en Thèse :

Vincent MEURIC (AHU),

Juliana PEREZ.

Habilitation :

L'équipe UPRES EA 1254 appartient à l'Ecole Doctorale "Vie – Agro - Santé". Equipe financée par le MENRT, elle est habilitée à recevoir des étudiants inscrits aux Master de Biologie – Santé.

Techniques et Matériels :

L'Equipe dispose de techniques spécifiques :

  • Culture de bactéries anaérobies et aérobies...
  • Culture de cellules eucaryotes (primo-culture, lignées établies)
  • Microscopie photonique, confocale et électronique (transmission, balayage)
  • Cytométrie en flux (phénotypage, cycle cellulaire...)
  • Electrophorèse et transfert (protéines, acides nucléïques)
  • Tests de cytotoxicité et de génotoxicité
  • Culture et identification des flores anaérobies
  • Amplification génique (PCR) et séquençage

L'étude des interactions hôte-microorganisme développée par l'équipe s'appuie sur un savoir faire en biologie cellulaire et moléculaire et en microbiologie. Ces techniques sont, en outre, appliquées à l'évaluation des interactions (adhérence, cytotoxicité...) entre bactéries et/ou cellules eucaryotes et différents matériaux ou substances utilisés en clinique humaine.

Savoir-faire de l’équipe (en relation avec l’industrie) :

  • Test de biocompatibilité
  • Test de viabilité cellulaire
  • Test de génotoxicité
  • Test d’adhérence des microorganismes
  • Cultures en biofilm
  • Antibiogramme - Fongigramme
  • Cultures mixtes (eucaryotes / procaryotes)

Collaborations :

Le laboratoire entretient des collaborations avec différentes structures nationales et internationales (Brésil, Canada, Etats-Unis, Suède, Colombie).

Production scientifique :

Les odontologistes intégrés dans l’équipe Microbiologie sont auteurs d’une cinquantaine d’articles dans des revues internationales. L’équipe a contribué à la soutenance de 8 DEA, 2 masters et de 8 thèses d’université.